1999年，一颗巨大陨石坠落地球，夺去了整个海洋。同时，地球外生物WORM开始在世界各地繁殖。为了对抗迅速支配广泛地区的WORM，人类成立了对抗组织ZECT，开发出幪面超人系统，投入战场与WORM展开激战。经过七年的战争，地球逐渐沙漠化。2006年，一部分不满ZECT束缚的成员组成独立团体NEO ZECT，引发内部清洗。此时，假面骑士KABUTO天道总司的出现，使战局发生巨变。ZECT总部发现一颗巨型冰块彗星接近地球，提出“天空之梯子计划”，在太空站设置巨型CLOCK UP机器，将彗星拉往地球，制造水源，增强ZECT权力。随着计划启动，战局更加复杂。
