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一年后，机龙（机械哥吉拉）在与哥吉拉（Godzilla）的决战中受损37%，失去了右腕和终极武器——绝对零度炮。修复团队的中条义人在八王子基地负责修复工作。某日，中条在叔叔信一的别墅度假时，婴儿岛的小美人精灵突然现身，警告他们用哥吉拉骨骸制造机龙是个错误，并预言摩斯拉将成为人类的敌人。信一试图说服老友、总理大臣五十岚中止机龙计划，但此时太平洋上再次出现哥吉拉的身影。
